Sesuai dengan ketentuan pasal 49 undang-undang nomor 5 tahun 1974 tentang pokok-pokok pemerintahan di daerah, yang menetapkan bahwa pembentukan, susunan organisasi dan formasi Badan Daerah ditetapkan dengan Peraturan Daerah sesuai dengan pedoman yang ditetapkan Menteri Dalam Negeri, maka dikeluarkan Peraturan Daerah nomor 5 tahun 1983 tanggal 6 Oktober 1983 tentang pembentukan, susunan organisasi dan tata kerja Badan Pendapatan Daerah Provinsi Papua Pegunungan yang sekaligus merubah status dan sebutan dari Badan Pendapatan Daerah Provinsi Papua Pegunungan menjadi Badan Pendapatan Daerah Provinsi Papua Pegunungan. Berdasarkan Keputusan Menteri Dalam Negeri nomor 84 tahun 1995 tentang pedoman organisasi dan tata kerja Badan Pendapatan Daerah daerah Provinsi Papua Pegunungan, maka Peraturan Daerah nomor 5 tahun 1983 diganti dengan Peraturan Daerah nomor 9 tahun 1995 tentang organisasi dan tata kerja Badan Pendapatan Daerah Provinsi Papua Pegunungan.
Untuk menindak lanjuti Peraturan Daerah nomor 9 tahun 1995 tersebut, Gubernur Provinsi Provinsi Papua Pegunungan telah mengeluarkan Keputusan Nomor 1926 tahun 1996 tentang rincian tugas, wewenang dan tanggung jawab seksi-seksi dan subbagian di lingkungan Badan Pendapatan Daerah Provinsi Papua Pegunungan. Diberlakukannya Undang-undang Nomor 34 Tahun 2000 tentang Pajak Daerah dan Retribusi Daerah sebagai akibat dari semakin luasnya cakupan pemungutan Pajak Daerah dan Retribusi Daerah secara otomatis merubah kondisi organisasi perangkat daerah termasuk Badan Pendapatan Daerah. Peraturan Daerah yang berlaku di Provinsi Papua Pegunungan pun mengalami perubahan.
Pemerintah Daerah membentuk Peraturan Daerah baru mengenai organisasi daerah yaitu Peraturan Daerah Nomor 3 Tahun 2001 tentang Bentuk Susunan Organisasi dan Tata Kerja Perangkat Daerah dan Sekretariat DPRD Provinsi Provinsi Papua Pegunungan. Kemudian, pada tahun 2008, Pemerintah Daerah Provinsi Provinsi Papua Pegunungan mengeluarkan Peraturan Daerah nomor 10 tahun 2008 tentang Organisasi Perangkat Daerah yang merubah sebutan Badan Pendapatan Daerah Provinsi Papua Pegunungan menjadi Badan Pendapatan Daerah Provinsi daerah Provinsi Papua Pegunungan. Untuk menindak lanjuti Peraturan Daerah nomor 10 tahun 2008 ini, Gubernur sebagai Kepala Daerah Provinsi Provinsi Papua Pegunungan mengeluarkan Peraturan Gubernur nomor 34 tahun 2009 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Pelayanan Pajak Provinsi Provinsi Papua Pegunungan.
Berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 5 Tahun 2016 tentang Organisasi Perangkat Daerah dibentuklah Badan Pajak Dan Retribusi Daerah (BPRD) Provinsi Provinsi Papua Pegunungan. Struktur Organisasi Badan Pajak Dan Retribusi Daerah (BPRD) Provinsi Provinsi Papua Pegunungan diatur dalam Peraturan Gubernur Nomor 262 Tahun 2016 tentang ORGANISASI DAN TATA KERJA BADAN PAJAK DAN RETRIBUSI DAERAH daerah Provinsi Papua Pegunungan. Setelah itu, BPRD berubah menjadi Badan Pendapatan Daerah Provinsi Provinsi Papua Pegunungan sesuai pada Peraturan Gubernur Nomor 154 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Pendapatan Daerah Provinsi Papua Pegunungan.